Ο Γιάννης Βλαχογιάννης γεννήθηκε στη Ναύπακτο το 1867. Ο πατέρας του Οδυσσέας Βλαχογιάννης καταγόταν από τη Ρούμελη και η μητέρα του Αναστασία Γκώνη από το Σούλι. Έμαθε τα πρώτα του γράμματα στη Ναύπακτο και φοίτησε στα Γυμνάσια της Ζακύνθου, της Κορίνθου και της Πάτρας. Το 1886 γράφτηκε στη Φιλοσοφική Σχολή Αθηνών. Κατά τη διάρκεια των σπουδών του, τις οποίες δεν ολοκλήρωσε, εξασφάλιζε τα προς το ζην ως οικοδιδάσκαλος και ως διορθωτής στην Εφημερίδα του Κορομηλά.
Πολυγραφότατος λογοτέχνης και ιστοριοδίφης, από νωρίς αφιέρωσε τη ζωή του στη συλλογή αρχειακού υλικού για την Επανάσταση και τους πρώτους χρόνους του νεοελληνικού κράτους. Με τη συμβολή ομογενών κεφαλαιούχων όπως ο Εμμ. Μπενάκης και ο Λ. Ράλλης δημοσίευσε σημαντικότατα τεκμήρια νεοελληνικής ιστορίας, όπως τα Απομνημονεύματα του Μακρυγιάννη, του Κασομούλη και του Σπυρομήλιου, το Χιακό αρχείο, το Αθηναϊκό αρχείο και την ανατύπωση της βιογραφίας του Καραϊσκάκη από τον γραμματέα του Γ. Αινιάν.
Με προσωπική του εισήγηση προς τον τότε Πρωθυπουργό Ελ. Βενιζέλο, ιδρύθηκαν στα τέλη του 1914 τα Γενικά Αρχεία του Κράτους, όπου διετέλεσε διευθυντής μέχρι τη συνταξιοδότησή του το 1937. Από τη θέση αυτή, συνέχισε το έργο ζωής του, που υπήρξε η διάσωση της εθνικής αρχειακής κληρονομιάς.
Πέθανε το 1945 στην Αθήνα.
Η οικογένεια Βούλγαρη κατάγεται από την Παραμυθιά Θεσπρωτίας και συνδέεται με την παράδοση της ηπειρώτικης αργυροχρυσοχοΐας. Ο Σωτήριος Βούλγαρης (1857–1932), μέλος της οικογένειας, μετανάστευσε στην Κέρκυρα και αργότερα στην Ιταλία, όπου το 1884 ίδρυσε στη Ρώμη τον οίκο κοσμημάτων Bulgari. Η επιχείρηση εξελίχθηκε σε έναν από τους σημαντικότερους διεθνείς οίκους πολυτελείας, με δραστηριότητες στα κοσμήματα, ρολόγια, αρώματα, δερμάτινα είδη και ξενοδοχεία. Οι απόγονοι του Σωτήριου συνέχισαν την επιχειρηματική δραστηριότητα, διατηρώντας παράλληλα δεσμούς με την Ελλάδα και την ηπειρώτικη παράδοση.
Το έτος 1914 η Κυβέρνηση Ελευθερίου Βενιζέλου ψηφίζει στη Βουλή το Νόμο 380, με τον οποίο ιδρύεται "Υπηρεσία των Αρχείων του Κράτους". Βασικοί υποκινητές του Νόμου ήταν ο Γιάννης Βλαχογιάννης, σημαντικός ιστορικός της εποχής και ο καθηγητής του Πανεπιστημίου Σπυρίδων Λάμπρος. Ο Βλαχογιάννης δώρισε στη νεοσύστατη υπηρεσία την πολύτιμη προσωπική του συλλογή τεκμηρίων και ανέλαβε πρώτος διευθυντής της. Έφορος της υπηρεσίας ορίστηκε τότε ο Νικόλαος Πολίτης. Το υπουργείο εσωτερικών, αποθέτοντας τα δικά του αρχεία στην υπηρεσία απέθεσε και τα αντίστοιχα αρχεία των "Αρχειοφυλακείων" που υπήρχαν ανά ένα σε κάθε νησί των Επτανήσων, αλλά και των αρχειοφυλακείων Σάμου και Κρήτης.
Από το Μέτσοβο μετέβηκε το 1837 στο Κάιρο της Αιγύπτου για να εργαστεί στο εμπορικό κατάστημα του αδελφού του Αναστασίου. Στη συνέχεια, το 1840, εγκαταστάθηκε στην Αλεξάνδρεια. Χάρη στην επιχειρηματική δραστηριότητα και την τόλμη του, εξελίχθηκε στον μεγαλύτερο έμπορο της Αιγύπτου και σημαντικό μέλος των Ελλήνων της Αιγύπτου. Παράλληλα ασχολήθηκε με τραπεζικές εργασίες, την αγορά και εκμίσθωση κτημάτων ενώ με τα ποταμόπλοιά του στον Νείλο κυριάρχησε στο εσωτερικό και εξωτερικό εμπόριο της Αιγύπτου. Από αυτές τις δραστηριότητες απόκτησε μία τεράστια περιουσία την οποία διέθεσε για εθνικούς και κοινωφελείς σκοπούς. Η πολυεπίπεδη ευεργετική του δράση εκδηλώνεται μέσα από δωρεές σημαντικών ποσών για φιλανθρωπίες, κοινωφελή έργα και δημιουργία εκπαιδευτικών και άλλων υποδομών, στην ελληνική κοινότητα της Αλεξάνδρειας, το Μέτσοβο, την Αθήνα αλλά και γενικότερα προς το ελληνικό κράτος. Μεταξύ αυτών, την ίδρυση Γεωργικής Σχολής στη Λάρισα, την ανέγερση της Στρατιωτικής Σχολής Ευελπίδων, τη δωρεά προς το Ωδείο των Αθηνών, τη δωρεά για την αναμαρμάρωση του Παναθηναϊκού σταδίου, όπου τελέστηκαν οι πρώτοι σύγχρονοι ολυμπιακοί αγώνες, την αποπεράτωση του Πολυτεχνείου των Αθηνών και τη δωρεά για τη ναυπήγηση σύγχρονου θωρηκτού με το οποίο η Ελλάδα κυριάρχησε στο Αιγαίο πέλαγος.