Γεννήθηκε στην Αλεξάνδρεια της Αιγύπτου και ήταν γιός του Εμμανουήλ Μπενάκη, επιχειρηματία και πολιτικού, και της Βιργινίας Χωρέμη. Υπήρξε μέλος των ισχυρών οικογενειών Μπενάκη και Χωρέμη και αδέλφια του ήταν οι Αλέξανδρος Μπενάκης, σύζυγος Μαρίας Συναδινού, Αργυρώ Μπενάκη, σύζυγος Μιχαήλ Σαλβάγου, Πηνελόπη Δέλτα, σύζυγος του Στέφανου Δέλτα και Αλεξάνδρα Μπενάκη, σύζυγος του Τόμας Ντέιβις. Μεγάλωσε στο αυστηρό κλίμα της οικογενειακής εστίας στην Αλεξάνδρεια, για την καθημερινότητα της οποίας διασώζονται αρκετές μαρτυρίες μέσα από τα βιβλία της αδελφής του, Πηνελόπης Δέλτα.
Το Ίδρυμα Ευγενίδου ιδρύθηκε το 1956 σύμφωνα με τη διαθήκη του εθνικού ευεργέτη Ευγένιου Ευγενίδη (1882–1954), με σκοπό την προαγωγή της επιστημονικής και τεχνολογικής εκπαίδευσης των νέων στην Ελλάδα. Την υλοποίηση της διαθήκης και την οργάνωση του Ιδρύματος ανέλαβε η αδελφή του, Μαριάνθη Σίμου, η οποία διαδραμάτισε καθοριστικό ρόλο στη διαμόρφωση των δραστηριοτήτων του, όπως η έκδοση εκπαιδευτικών βιβλίων, η χορήγηση υποτροφιών και η ανάπτυξη εκπαιδευτικών υποδομών. Σήμερα το Ίδρυμα συνεχίζει να δραστηριοποιείται στην προώθηση της επιστήμης και της τεχνολογίας μέσω εκπαιδευτικών προγραμμάτων, εκδόσεων και του Πλανηταρίου.
Ιδρύθηκε το 1982 με σκοπό τη διαφύλαξη της ιστορικής
μνήμης των αγώνων των Ελλήνων στη Μακεδονία.
8
Στεγάζεται στο εμβληματικό νεοκλασικό κτίριο που
σχεδίασε ο Ernst Ziller, το οποίο από το 1894 έως το 1912
λειτουργούσε ως το Ελληνικό Γενικό Προξενείο στη
Θεσσαλονίκη. Το κτίριο αυτό υπήρξε το επιχειρησιακό
κέντρο του Μακεδονικού Αγώνα.