Η οικογένεια προέρχεται από την παλιά οικογένεια Μπενάκη και συγκεκριμένα από τον Παναγιώτη Μπενάκη, εγγονό του πειρατή Λιμπεράκη Γερακάρη, γεννημένο στην Καλαμάτα, οι απόγονοι του οποίο διασκορπίστηκαν μετά τα Ορλωφικά σε διάφορα μέρη της Ελλάδας, μεταξύ των οποίων και τη Χίο, όπου και γεννήθηκε ο Αντώνιος Μπενάκης (1800 - 1867), πατέρας του Εμμανουήλ Μπενάκη. Ο τελευταίος, μαζί με τον αδερφό του Λουκά, εγκαταστάθηκε στην Αλεξάνδρεια και δραστηριοποιήθηκε στο εμπόριο του βαμβακιού, από το οποίο απέκτησε τεράστια περιουσία. Το 1910 εγκαταστάθηκε μόνιμα στην Αθήνα με την οικογένειά του.
Σήμερα στην Αθήνα λειτουργεί το Μουσείο Μπενάκη, το οποίο ιδρύθηκε από τον Αντώνη Μπενάκη.