Η καταγωγή των Καποδίστρια είναι από το ακρωτήριο Ίστρια της Αδριατικής (Capo d'Istria) ενώ κατ' άλλους από τη Βενετία.[1] Εγκαταστάθηκαν στην Κέρκυρα το 1375 και εγγράφηκαν στην Χρυσή Βίβλο της Κέρκυρας το 1477.[2] Όλοι οι απόγονοι[1] του Νικολάου και του Αντωνίου Καποδίστρια είχαν το δικαίωμα να φέρουν τον τίτλο του κόμη, που τους είχε απονείμει ο Κάρολος Εμμανουήλ Β΄, δούκας της Σαβοΐας και βασιλιάς της Κύπρου, το 1689. Η αναγνώριση του τίτλου από την Δημοκρατία της Βενετίας πραγματοποιήθηκε μόλις την 1η Ιουλίου 1796. Ο Κάρολος Εμμανουήλ Β΄ είχε πεθάνει ήδη από το 1675, γεγονός που καθιστά αδύνατο να παραχώρησε τίτλο ευγενείας στους Καποδίστρια το 1689, δεκατέσσερα χρόνια δηλαδή μετά τον θάνατό του. Το λάθος αυτό δεν έγινε αντιληπτό από κανέναν μέχρι το 1968, οπότε και το επισήμανε ο Ricaldone. Έρευνες στα ιστορικά αρχεία του οίκου της Σαβοΐας δεν κατέστησαν δυνατή την εύρεση κάποιου στοιχείου σχετικά με την παραχώρηση τίτλου ευγενίας στους Καποδίστρια. Πιθανόν είναι είτε να πρόκειται για λάθος στο έγγραφο είτε ο τίτλος να μην παραχωρήθηκε ποτέ.[1]
Κατά τον 15ο αιώνα απέκτησαν τεράστιες εκτάσεις στο νησί και σταδιακά η οικογένεια διακρίθηκε σε τρείς κλάδους[3]: των Σούφη, της κοντράδας των Μουράγιων και του Αγίου Δημητρίου. Από αυτής των Μουράγιων προήλθαν οι περισσότεροι πολιτικοί που φέρουν το επώνυμο Καποδίστριας ενώ από των Σούφη ο Λορέντζος Μαβίλης[3]. Τα μέλη της οικογένειας συνδέθηκαν με επιγαμίες με σημαντικές οικογένειες του νησιού όπως η Οικογένεια Βλασοπούλου, η Οικογένεια Γονέμη, η Οικογένεια Βασιλάκη και άλλες.