Ήταν Έλληνας διπλωμάτης, πολιτικός, ιατρός και κάτοχος του τίτλου ευγενείας του κόμη. Διετέλεσε υπουργός εξωτερικών της Ρωσικής Αυτοκρατορίας και αργότερα ως πρώτος κυβερνήτης του νέου ελληνικού κράτους τη μεταβατική περίοδο κατά την οποία η χώρα τελούσε υπό την προστασία των Μεγάλων Δυνάμεων.Όταν ο Αλή πασάς απείλησε με επίθεση την Λευκάδα στάλθηκε εκεί τον Ιούνιο του 1807 ώστε να συντονίσει τις στρατιωτικές επιχειρήσεις και να προετοιμάσει την άμυνα του νησιού. Με την παραχώρηση των Επτανήσων από τον τσάρο Αλέξανδρο Α΄ της Ρωσίας στους Γάλλους του Ναπολέοντα Α΄ το καλοκαίρι του 1807, αποσύρθηκε και το 1809 έφτασε στην Πετρούπολη οπού εντάχθηκε στη ρωσική διπλωματική υπηρεσία. Στην ρωσική πρωτεύουσα γνώρισε την Ρωξάνδρα Στούρτζα, την μόνη γυναίκα που τον συγκίνησε. Το 1811 έγινε ακόλουθος στη ρωσική πρεσβεία της Βιέννης και το καλοκαίρι του 1812 διορίστηκε επικεφαλής του διπλωματικού γραφείου του αρχιστράτηγου των ρωσικών δυνάμεων στη στρατιά του Δούναβη, όπου παρέμεινε σε όλη την διάρκεια της γαλλικής εισβολής του Ναπολέοντα. Όταν ο πόλεμος Ρωσίας-Γαλλίας μεταφέρθηκε στην κεντρική Ευρώπη, ο Καποδίστριας υπηρέτησε ως επικεφαλής της πολιτικής- διπλωματικής Γραμματείας του αρχιστράτηγου Μπάρκλευ ντε Τόλλυ. Ο τσάρος εκτιμώντας τις ικανότητες του Καποδίστρια τον έστειλε στην Ελβετία, οπού πρωταγωνίστησε στις διαπραγματεύσεις για την ουδετερότητα, ενότητα και ανεξαρτησία των Ελβετών. Κεντρικός ήταν ο ρόλος στο Συνέδριο της Βιέννης, κατά τη διάρκεια του οποίου ίδρυσε την Φιλόμουσο Εταιρεία. Το Σεπτέμβριο του 1815 ο τσάρος τον διόρισε Γραμματέα του Κράτους για τις εξωτερικές υποθέσεις και το Νοέμβριο ο Καποδίστριας υπέγραψε τη Συνθήκη των Παρισίων για λογαριασμό της Ρωσίας. Από τις αρχές του 1816 ζούσε και εργαζόταν στο Υπουργείο Εξωτερικών στην Πετρούπολη και μοιραζόταν τις υποθέσεις με τον Νέσελροντ. Γρήγορα ο Καποδίστριας κέρδισε τη φήμη του έξυπνου και πεφωτισμένου ευπατρίδη, προστάτη των τεχνών και των επιστημών και έχαιρε μεγάλου σεβασμού στους λογοτεχνικούς κύκλους. Στις αρχές του 1817 ο Νικόλαος Γαλάτης τον πληροφόρησε για τα επαναστατικά σχέδια της Φιλικής Εταιρείας. Το 1819 επισκέφθηκε την Κέρκυρα και μετέβη στο Λονδίνο και το Παρίσι για να διαμαρτυρηθεί για την καταπιεστική πολιτική του αρμοστή Μαίτλαντ. Όταν το 1820 τον συνάντησε ο Εμμανουήλ Ξάνθος για να τον πείσει να αναλάβει την ηγεσία της Φιλικής Εταιρείας και να τεθεί επικεφαλής της προσπάθειας των Ελλήνων στην προετοιμασία της εξέγερσής τους, ο Καποδίστριας αρνήθηκε.
Με την έναρξη της ελληνικής επανάστασης του 1821 προσπάθησε να επιτύχει στρατιωτική εμπλοκή Ρωσίας και Πύλης, χωρίς όμως αποτέλεσμα. Αποτυγχάνοντας να μετατρέψει την πολιτική του Τσάρου υπέρ των Ελλήνων, αναχώρησε με άδεια από την ρωσική διπλωματική υπηρεσία για τη Γενεύη, όπου διέμεινε από το 1822 έως το 1827.
Στις 14 Απριλίου 1827 η Γ΄ Εθνοσυνέλευση της Τροιζήνας τον εξέλεξε με επταετή θητεία πρώτο κυβερνήτη της Ελλάδας, όπου έφτασε τον Ιανουάριο του 1828. Ως κυβερνήτης διακήρυξε την ίδρυση της Ελληνικής Πολιτείας και της Εθνικής Τράπεζας και προώθησε σημαντικές μεταρρυθμίσεις για την αναδιοργάνωση της κρατικής μηχανής, καθώς και για τη θέσπιση του νομικού πλαισίου της νέας πολιτείας. Επίσης, αναδιοργάνωσε τις ένοπλες δυνάμεις σε τακτικά σώματα υπό ενιαία διοίκηση. Προσπάθησε και πέτυχε παράλληλα την επέκταση των συνόρων του νέου κράτους και την κατοχύρωση της ελληνικής ανεξαρτησίας. Ο συγκεντρωτικός τρόπος άσκησης της εξουσίας τον έφερε σε προστριβές με τους τοπικούς αξιωματούχους, με αποτέλεσμα τη δολοφονία του στις 27 Σεπτεμβρίου 1831, στο Ναύπλιο, από τον Κωνσταντίνο και Γεώργιο Μαυρομιχάλη, που ήταν συγγενείς του Πετρόμπεη Μαυρομιχάλη, σε αντίποινα της φυλάκισης του τελευταίου. Η σορός του κυβερνήτη μεταφέρθηκε τον Απρίλιο του 1832 στην Κέρκυρα από τον αδελφό του Αυγουστίνο και ενταφιάστηκε στην Ι. Μ. Πλατυτέρας δίπλα από τον τάφο του πατέρα του, Αντωνίου Μαρία Καποδίστρια.